Τα νεαντερτάλεια γονίδια του χρωμοσώματος Υ προφανώς εξαφανίσθηκαν από το ανθρώπινο γονιδίωμα εδώ και πολύ καιρό, σύμφωνα με μεγάλη διεπιστημονική μελέτη.
Μέχρι τώρα η ανάλυση του DNA των Νεάντερταλ προερχόταν από απολιθώματα γυναικών Νεάντερταλ ή από μιτοχονδριακό DNA, το οποίο περνά στα παιδιά τόσο από τον πατέρα, όσο και από τη μητέρα. Για πρώτη φορά αποκωδικοποιήθηκε ένα χρωμόσωμα Υ από Νεάντερταλ, το οποίο έως τώρα αποτελούσε τον «κρίκο» που έλειπε, για να υπάρξει μια πλήρης εικόνα για το γονιδίωμα των Νεάντερταλ.. Οι ερευνητές, με επικεφαλής τον καθηγητή γενετικής Κάρλος Μπουσταμάντε της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Στάνφορντ της Καλιφόρνια, δημοσίευσαν τα ευρήματά τους στο περιοδικό ανθρώπινης γενετικής "American Journal of Human Genetics", αφού ανέλυσαν το χρωμόσωμα Υ ενός Νεάντερταλ, που είχε βρεθεί στην Ισπανία.
Είναι, ήδη, γνωστό ότι το DNA του σύγχρονου ανθρώπου προέρχεται από τους Νεάντερταλ σε ποσοστό από 2% έως 4%, ανάλογα με την ήπειρο (στην Ευρώπη είναι γύρω στο 2%), πράγμα που οφείλεται στις επιμειξίες μεταξύ ομάδων Νεάντερταλ και «εμφρόνων ανθρώπων» (Homo sapiens) πριν από περίπου 50.000 χρόνια. Οι επιστήμονες δεν είναι βέβαιοι για ποιό λόγο το χρωμόσωμα Υ των Νεάντερταλ δεν επιβίωσε στο ανθρώπινο DNA μέχρι σήμερα, αντίθετα με άλλα γονίδια των «ξαδέρφων» μας. Αυτό μπορεί να συνέβη από τύχη στην εξελικτική πορεία χιλιετιών ή επειδή το εν λόγω χρωμόσωμα Υ των Νεάντερταλ περιείχε γονίδια ασύμβατα με τα ανθρώπινα (πράγμα που θεωρείται πιο πιθανό).
Δεν αποκλείεται, κατά τους ερευνητές, το ανοσοποιητικό σύστημα των γυναικών προγόνων μας να επιτίθετο συνεχώς στο χρωμόσωμα Υ των αγοριών εμβρύων, το οποίο προερχόταν από Νεάντερταλ, με συνέπεια αυτές οι γυναίκες να αποβάλουν αυτά τα μωρά και έτσι, τελικά, το εν λόγω νεαντερτάλειο χρωμόσωμα να εξαφανιστεί από το γονιδίωμά μας. Πάντως κάτι τέτοιο δεν είναι παρά μια υπόθεση προς το παρόν.
Η νέα γενετική ανάλυση ρίχνει, επίσης, φως στο πότε διαχωρίστηκαν εξελικτικά οι άνθρωποι από τους Νεάντερταλ. Ο τελευταίος κοινός πρόγονός μας εκτιμάται ότι έζησε πριν από περίπου 550.000 έως 590.000 χρόνια. Προηγούμενες εκτιμήσεις τοποθετούσαν το «διαζύγιο» πριν από 400.000 έως 800.000 χρόνια. Πολύ νωρίτερα, πριν από 4 εκατομμύρια χρόνια, οι άνθρωποι (δηλαδή το γένος Homo) είχαν, πια, τραβήξει χωριστούς δρόμους εξέλιξης από τους πιθήκους. Στη συνέχεια αναπτύχθηκαν διάφορα επιμέρους είδη του γένους Homo, με κορωνίδα τον «έμφρονα» άνθρωπο (Homo sapiens), ο οποίος - με κάποιο τρόπο - εξαφάνισε όλα τα άλλα «ξαδέρφια» του.